Her şey Türkiye’nin NATO’ya girmesi ve bölgede emperyalizmin ileri bir karakolu olmasıyla başladı. NATO’nun Özel Harp Talimnamelerine göre önce “Seferberlik Tetkik Kurulu” sonra da doğrudan Genelkurmay Başkanlığı’na bağlı ile Özel Harp Dairesi (ÖHD) adıyla kuruldu. ÖHD, sivil uzantısı Kontrgerilla olarak “Gayri Nizami Harp” stratejisi uyguladı. Askeri güçlere bağlı ama toplumun bütün kesimlerini kapsayacak bir tarzda örgütlenen ÖHD, ABD’nin geliştirdiği komünizmin panzehiri olarak kabul edilen “din ve milliyetçilik” faaliyetini temel alarak psikolojik savaş taktikleri uyguladı.
1953’de kurulan ve giderek tüm yurt çapında yaygınlaştırılan Komünizmle Mücadele Cemiyeti ÖHD’nin legal kolu olarak çalışmaya başladı. Cemiyet, antikomünist faaliyetin ötesinde üye olanlara, ailelerine ve yakınlarına devletin desteğiyle sağlık sigortası sağlıyordu. 27 Mayıs’tan sonra birkaç yıl faaliyetine ara verdikten sonra 1963’te isminin başına Türkiye sözcüğü ilave edilerek ideolojik ve politik faaliyetini Türkiye Komünizmle Mücadele Cemiyeti olarak sürdürdü.
Derneğin kurucuları ve üyeleri arasında Cemal Gürsel, Süleyman Demirel, Turgut Özal ve Necmettin Erbakan gibi toplumun Türk-İslam milliyetçiliği temelinde dönüştürülmesinde önemli rol oynayan kişiler de vardı. Cumhurbaşkanı Cemal Gürsel’in fahri başkanlığını yaptığı dernek, İlhan Darendelioğlu’nun başkan olmasıyla faaliyetini hızlandırdı. Fethullah Gülen’in 1963’te Erzurum şubesini açtığı derneğin şube sayısı, 1963’de 9’a, 1965’de 27’ye 1967’de 110’a, 1968’de 141’e ulaştı. 1965 yılından itibaren İzmir, Antalya, Adana, Erzurum, Kars ve Trabzon’da mitingler düzenledi.
Derneğin önde gelen üyeleri, İlim Yayma Cemiyeti’nin gelişmesine de önayak oldu. Komünizme, dini değerler ile karşı koymak amacıyla 1950’de Amerika’da kurulan ve dünyaya yayılan Uluslararası Scientology Assosiation’ın adaşı olan İlim Yayma Cemiyeti, 1953 yılında İstanbul’da kuruldu, 1967’de şube sayısı 20’yi buldu. Emekli Kurmay Albay Vehbi Bilimer’in başkanlığında etkinliği artan “İlim Yayma Cemiyeti” ülkeyi baştanbaşa İmam Hatip Okulları ile donatmaya başladı. 50 binden çok “aydın din adamı” yetiştirmeyi amaçlayan Cemiyet’in çabaları sonucu 1968’e kadar açılan İmam Hatip Okulları’nın sayısı 58’i buldu.
Bu dönemde ABD’nin Sovyetler Birliği’ne karşı geliştirdiği “Yeşil Kuşak” projesinin önemli bir ayağını Türkiye oluşturdu. ÖHD, dini ve milliyetçi öğeleri ön planda tutan örgütlerin kurulmasını destekledi veya bizzat kuruluşunda bulundu. Milli Türk Talebe Birliği, Yeniden Milli Mücadele Derneği, Milliyetçiler Derneği, Kültür Ocakları gibi farklı frekanslarda milliyetçi ve mukaddesatçı gençlik örgütlenmeleri ile çeşitli tarikatlar bu süreçte boy gösterdi.
Milliyetçi/ülkücü hareketin oluşumu ve siyasal bir harekete dönüşümü ile İslami hareketin siyasallaşması bu dönemde gerçekleşti. Milliyetçi-mukaddesatçı yapılanmalar, siyasal ve toplumsal örgütlenmelerde sol kadroları yıldırmak, bastırmak ve gerekirse fiziken etkisiz hale getirmek için, Türkiye İşçi Partisi’nin mitinglerinden devrimci gençlik eylemlerine kadar Türkiye çapında planlı saldırılar yaptı. Türkeş’in CKMP’nin başına geçmesi ile başlayan milliyetçi ve ülkücü hareket, devlet güçlerine yardımcı paramiliter güç olarak ÖHD tarafından kurulan Komando Kampları ile ortaya çıktı. Aynı şekilde Gülen’in vaazlar verdiği egenin Buca ve Edremit ilçelerinde açılan eğitim kamplarında İslami gençlik eğitildi. Gülen, kampların amacını şöyle açıklamıştı: “Bir inayet ve bir koruma altında olduğumuz apaçıktı. Urfa’dan, Diyarbakır’dan bile talebe geliyordu. Komünizmin gemi azıya aldığı bir dönemde ona karşı, hem de böyle nizamı bir mücadele, geleceğin milliyetçi ve maneviyatçı tarihçilerini derin derin düşündürecektir.”
1967’de Konya’da ortaya çıkan Mücadele Birliği derin devletin desteğinde kısa zamanda birçok kente yayıldı. Şubat 1970’de çıkmaya başlayan haftalık “Yeniden Milli Mücadele” dergisi, 12 Mart’tan bir ay önce orduyu göreve çağırıyordu. Bu grubun lideri olan Aykut Edibali, Hizbu’t Tahrir’in geliştirdiği tezler ve kavramlarla derginin politik stratejisini belirliyordu. Derginin yazarları arasında Cemil Çiçek, Melih Gökçek, Taha Akyol, Ahmet Taşgetiren ve Hüseyin Gülerce gibi isimler vardı.